COINDRE Eva

Doctortante
en génétique quantitative et écophysiologie

Équipe : ETAP
 

Je suis diplômée du master Biologie Agrosciences, spécialité Génétique, génomique et amélioration des plantes de l’Université de Rennes 1 en 2021. J’ai effectué un CDD (2021-2022) à l’INRAe GAFL à Avignon sur l’étude du déterminisme de la floraison tardive chez l’amandier.

Depuis novembre 2022, je suis en thèse dans deux équipes de l’INRAe LEPSE et AGAP Institut DAAV. Le sujet de ma thèse porte sur l’analyse de la variabilité et du déterminisme génétique du fonctionnement hydrique et carboné chez la vigne en situation de déficit hydrique.

Début de la thèse : 01.11.2022

Sujet : "Analysis of the genetic variability and determinism of water functioning and carbon metabolism under soil water deficit in grapevine"

Résumé
Dans le contexte du changement climatique, avec une augmentation des températures et une raréfaction des précipitations, la pérennité de la vigne est menacée. La diversité génétique constitue un levier potentiel pour identifier des allèles impliqués dans l’adaptation aux contraintes abiotiques et, à terme, développer des variétés mieux adaptées.
Mon projet de thèse vise à comprendre la variabilité génétique et le déterminisme du fonctionnement hydrique et carboné au niveau foliaire en réponse au déficit hydrique. Un panel de diversité de 250 génotypes a été étudié sous trois conditions hydriques (bien arrosé, déficit hydrique modéré, déficit hydrique sévère) sur la plateforme PhenoARCH en 2022 afin d’évaluer la réponse de la vigne au déficit hydrique pour de multiples caractères. Certains étaient simples à acquérir, tels que les données SPAD (corrélées à la teneur en chlorophylle), la teneur en eau et la surface foliaire spécifique. L’examen des distributions brutes montre déjà une variabilité pour ces caractères et une différence entre les conditions hydriques.
D’autres caractères sont destructifs ou nécessitent un temps de phénotypage important. Pour pallier cette contrainte, un sous-ensemble de 120 plants a été choisi pour être phénotypé avec des dispositifs à faible débit, tandis que l’ensemble du panel a été phénotypé en haut débit à l’aide de la spectroscopie proche infrarouge (NIRs) et d’un poromètre/fluoromètre. Des modèles de prédiction seront construits pour estimer les caractères d’intérêt sur l’ensemble du panel et étudier leur variabilité génétique en réponse aux scénarios hydriques appliqués.
L’analyse génétique impliquera une étude d’association entre génotype et phénotype afin d’identifier des QTL (loci de caractères quantitatifs) impliqués dans le fonctionnement hydrique et carboné. L’identification d’allèles extrêmes sera ensuite étudiée au vignoble afin de valider leur effet et leur potentiel pour l’adaptation de la vigne au déficit hydrique.

Mots clés : genome-wide association genetics, écophysiologie, déficit hydrique, phénotypage haut-débit, vigne

Encadrants
UMR LEPSE, équipe ETAP: Aude COUPEL-LEDRU (Co-encadrante) et Benoît PALLAS (Co-encadrant)
AGAP Institut, équipe DAAV : Vincent SEGURA (directeur de thèse)

Publications

Coindre E, Boulord R, Chir L, Freitas V, Ryckewaert M, Laisné T, Bouckenooghe V, Lis M, Cabrera-Bosquet L, Doligez A, Simonneau T, Pallas B, Coupel-Ledru A, Segura V (2025) Robustness of high-throughput prediction of leaf ecophysiological traits using near infra-red spectroscopy and poro-fluorometry. bioRxiv, 2025.02.07.636194; doi: 10.1101/2025.02.07.636194.

Chir L, Boulord R, Coindre E, Segura V, Saurin N, Doligez A, Pallas B, Simonneau T, Coupel-Ledru A (2025) Genetic variability of leaf temperature and underlying morpho-physiological traits in a grapevine diversity panel. Journal of Experimental Botany, in press