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Vers une gestion plus FAIR de données issues d’un robot automatique d'imagerie et d’arrosage

L’agriculture d’aujourd’hui génère de plus en plus de données comme l’utilisation de réseaux de capteurs, de satellites ou de drones pour l’observation de plantes. Ces données sont produites au cours d’expérimentations en plein champ, en serre ou en conditions contrôlées.
L’automate de phénotypage Phenopsis, destiné à la recherche agronomique, est un système automatisé d’irrigation, de prise d'image, de pesage et de contrôles divers gérant plus de 500 plantes en pots individuels. Un bras robotisé embarque des caméras numériques qui permettent l’acquisition automatisée d’images dans le spectre de lumière visible (RGB),infra-rouge ou de fluorescence. Actuellement, les données sont stockées dans un système d’information proposant une interface web dans laquelle les utilisateurs déclarent leurs expérimentations, consultent leurs données et visualisent leurs images. Ce système d’information a été réalisé il y a plus de 10 ans et devient obsolète (en termes de technologies,
fonctionnalités proposées, etc.).
L’objectif de ce stage est de faire évoluer le système d’information lié au robot afin d’intégrer les principes FAIR dans la gestion des données : amélioration de la traçabilité et de la description des données avec des métadonnées. Pour cela, l’étudiant devra s’appuyer sur le système d’information PHIS. Le système d'information pour la phénomique végétale PHIS est une nouvelle génération de système d'information permettant d’implémenter les principes FAIR. Piloté par des ontologies, il offre un cadre approprié pour organiser des ensembles de données multi-sources et multi-échelles tout en conservant la flexibilité et l'interopérabilité des données.

Plus précisément, la première partie du stage consistera en un état des lieux des deux systèmes d’information existant (Phenopsis et PHIS), et à la proposition de mise en lien entre les deux systèmes.
Dans un second temps, la proposition sera réalisée :
● Éventuels ajustements ou corrections sur l’interface web Phenopsis
● Paramétrage de PHIS pour accueillir les données
● Mise en place de scripts d’acquisition automatique de données du robot dans PHIS.

Le stage se réalisera entre le laboratoire du LEPSE (maîtrise d’ouvrage), concepteur et utilisateur de Phenopsis, et le laboratoire MISTEA au sein de la cellule OpenSilex (maîtrise d'œuvre), en charge du développement et du déploiement de PHIS. Le stagiaire rejoindra l’équipe de développement de PHIS afin de trouver un support technique et méthodologique.

Environnement technique :
● Phenopsis : PHP, MySQL, Linux bash, Python
● PHIS : Web services REST (Java), Vue.js, RDF (GraphDB) et NoSQL (MongoDB)
● SCRUM et techniques d’intégration continue des développements.

Profil recherché :
● Étudiant·e en Master 2 ou dernière année d’école d’ingénieur (Bac+5) en informatique ou un diplôme européen équivalent.
● Bonne aptitude au travail en équipe, capacité à être à l’écoute des besoins formulés par les utilisateurs finaux, sensibilité au domaine des sciences du vivant.

Conditions du stage - Lieu :
Temps réparti entre UMR LEPSE & UMR MISTEA, INRAE à Montpellier (34)

Durée et gratification :
4 à 6 mois en 2024 (période flexible). Indemnisation d’environ 550 euros par mois (taux légal).
Prolongation en CDD possible.

Contacts :
Anne Titreau : anne.tireau@inrae.fr
Isabelle Alic : isabelle.alic@inrae.fr
Myriam Dauzat : myriam.dauzat@inrae.fr
Denis Vile : denis.vile@inrae.fr
Llorenç Cabrera-Bosquet : llorenc.cabrera-bosquet@inrae.fr